Le funzioni degli ISA non si discostano di molto da quelle dei precedenti studi di settore, ossia sono volti a determinare, tramite l’elaborazione dei dati contabili ed extracontabili forniti dal contribuente, degli indici di normalità e coerenza della gestione aziendale o professionale del singolo contribuente. In funzione del risultato conseguito dalla singola elaborazione rispetto al risultato atteso per lo specifico settore di attività, il contribuente riceve l’assegnazione di un punteggio di affidabilità fiscale, che può variare da un minimo di 1 ad un massimo di 10.
Al contribuente che consegue un basso indice di affidabilità è consentita la possibilità di incrementare il risultato conseguito tramite l’indicazione di ulteriori componenti positivi rispetto a quelli risultanti dalle proprie scritture contabili, effettuando una sorta di “adeguamento” dei vecchi studi di settore. I maggiori ricavi indicati consentono di migliorare l’indice di affidabilità e, di conseguenza, fruire di varie agevolazioni premiali in funzione del valore conseguito. Tali maggiori componenti, tuttavia, concorrono anche alla determinazione delle base imponibile di imposte sui redditi, IRAP e del volume d’affari IVA.